Theo dự báo, trong vài chục năm tới, nước biển sẽ dâng cao làm ngập lụt phần lớn diện tích ĐBSCL vốn đã bị ngập lụt hàng năm, dẫn đến mất nhiều đất nông nghiệp. Dự đoán sẽ có từ 15.000 – 20.000 km2 đất thấp ven biển bị ngập hoàn toàn. Lưu lượng nước sông Mê Kông giảm từ 2 – 24% trong mùa khô, tăng từ 7 - 15% vào mùa lũ. Hạn hán sẽ xuất hiện nhiều hơn. Nước lũ sẽ cao hơn tại các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang, Kiên Giang, Vĩnh Long, Hậu Giang, TP. Cần Thơ, thời gian ngập lũ tại đây sẽ kéo dài hơn hiện nay. Việc tiêu thoát nước mùa mưa lũ cũng khó khăn. Suy giảm tài nguyên nước sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp, nghề cá. Quá trình xâm nhập mặn vào nội đồng sẽ sâu hơn, tập trung tại các tỉnh ven biển gồm Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Long An và nước ngọt sẽ khan hiếm.
Được biết, Dự án phát triển thủy lợi ĐBSCL do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm chủ đầu tư. Nguồn vốn chủ yếu vay của Ngân hàng Thế giới (101,8 triệu USD). Dự án này gồm 3 tiểu dự án thủy lợi: Nam Mang Thít (thuộc tỉnh Trà Vinh, Vĩnh Long); Quản Lộ - Phụng Hiệp (thuộc tỉnh Sóc Trăng, Bạc Liêu); Ô Môn - Xà No (thuộc TP. Cần Thơ, tỉnh Hậu Giang, Kiên Giang) phục vụ tưới tiêu, kiểm soát lũ, triều và ngăn mặn cho 450.000 ha đất tự nhiên. Riêng Tiểu dự án Nam Mang Thít đã cơ bản hoàn thành. Ngoài ra, còn 1 tiểu dự án cung cấp nước sạch cho 2 triệu dân thuộc 13 tỉnh, thành trong vùng. Dự án được triển khai từ năm 2004, đến nay đã xây dựng xong hàng trăm cống cấp I, II; nạo vét 2.000 km kênh cấp I, II và cấp nước sạch cho khoảng 240.000 hộ dân trong vùng.