Cửa sông Bến Hải, nơi có cầu Cửa Tùng nối từ huyện Vĩnh Linh với huyện Gio Linh vốn trước đây rất thông thoáng. Đây cũng là cửa lạch quan trọng để tàu thuyền của ngư dân vào phía trong sông trú ẩn mỗi khi có hiện tượng thời tiết xấu. Nhưng từ năm 2007 đến nay, cửa sông này bắt đầu có hiện tượng bị cát bồi lấp. Những đụn cát từ phía Nam của bờ sông thuộc xã Trung Giang (Gio Linh) hình thành và bồi lấp dần kéo dài sang phía bờ Bắc, khiến cho cửa sông ngày càng hẹp lại và làm cho lòng sông ngày càng cạn hơn. Cho đến nay, cát đã bồi lấp hơn một nửa cửa sông. Hiện tượng này vẫn còn tiếp tục làm cho phần còn lại của cửa sông đang bị thu hẹp và cạn hơn. Ngay giữa lòng sông, vốn trước kia là nơi dành cho tàu thuyền đi lại, hiện nay đã hình thành những dải cát dài và người dân đã dễ dàng đưa cả xe ô tô ra đó để khai thác cát. Người dân địa phương cho biết, hiện tượng bồi lấp này chưa từng xảy ra trong lịch sử ở cửa sông nơi đây.
Việc cửa sông bị bồi lấp đã đã gây trở ngại lớn cho ngư dân xã Trung Giang của huyện Gio Linh và xã Vĩnh Quang thuộc huyện Vĩnh Linh, bởi bà con gặp rất nhiều khó khăn để đưa tàu thuyền ra vào cửa lạch sông Bến Hải.
Người dân nơi đây cho rằng: Hiện tượng bồi lấp này có thể là do hệ thống kè chắn sóng được xây dựng ở phía Nam cửa sông Bến Hải gây ra. Tuy nhiên, đến nay cũng chưa có nghiên cứu khoa học nào để khẳng định về nguyên nhân này. Nhưng hiện tượng sông bị bồi lấp được ghi nhận kể từ khi hệ thống kè này được đưa vào sử dụng.
Người dân và chính quyền địa phương mong muốn các ngành chức năng và các nhà khoa học vào cuộc để sớm có những giải pháp khắc phục sự cố bồi lấp cửa sông đang ngày một nghiêm trọng.