Tuy nhiên, hiện một số địa phương đang gặp khó khăn trong huy động vốn do bị thất thu ở vụ lúa Đông Xuân vừa qua. Huyện đầu nguồn Hồng Ngự mới thu được 4 tỷ đồng, trong khi kế hoạch là 10 tỷ đồng. Trước khó khăn trên, huyện quyết định giảm diện tích sản xuất lúa vụ 3 ở 2 xã Thường Thới Tiền và Thường Phước 2 là hai cánh đồng lớn với diện tích 2.600 ha để dồn sức cho các công trình của 4.000 ha còn lại, thuộc 5 xã cù lao trên địa bàn. Riêng huyện vùng sâu Tam Nông, đã huy động tốt nguồn lực của cộng đồng để làm đê bao, sản xuất lúa vụ 3. Huyện xây dựng kế hoạch xuống giống gần 9.000 ha, tăng gấp 2,5 lần so với năm trước. Chuẩn bị cho vụ lúa này, huyện Tam Nông sẽ thi công 84 công trình đê bao, cống đập ở 18 ô bao. Đến nay, nông dân trong huyện đã tự nguyện đóng góp hơn 48 tỷ đồng cho công tác đền bù, giải phóng mặt bằng. Riêng kinh phí thi công các công trình là 115 tỷ đồng, huyện đã vận động 16 doanh nghiệp cho ghi nợ trả chậm từ nay đến cuối năm 2013. Đến thời điểm này, hầu hết các công trình đều đạt tiến độ thi công, sẽ hoàn thành trước 30/6.
Vụ lúa Thu Đông năm nay, 5 huyện, thị phía Bắc của tỉnh Đồng Tháp gồm Tân Hồng, Hồng Ngự, Thanh Bình, Tam Nông và thị xã Hồng Ngự (vùng bị ảnh hưởng của lũ nhiều nhất tỉnh), sẽ xuống giống 35.000 ha. Tuy nhiên, do thiếu kinh phí xây dựng đê bao bảo vệ nên một số diện tích sẽ bị cắt giảm để tránh thiệt hại.
Theo Sở NN và PTNT Đồng Tháp: Nếu công trình đê bao nào khởi công sau tháng 6, tức là sau lịch xuống giống vụ Thu Đông thì sẽ không đảm bảo. Do đó, các địa phương nên tùy theo điều kiện, cân nhắc xem có “ăn chắc” hay không mới được xuống giống. Cũng theo Sở NN&PTNT, do ảnh hưởng của trận lũ lịch sử năm 2011, nhiều đê bao trong tỉnh bị sạt lở, gần 600 cống bị hư hỏng, nhiều kênh rạch bị bồi lắng, để đảm bảo cho sản xuất, tỉnh phải đầu tư mức kinh phí khoảng 1.500 tỷ đồng để thực hiện các công trình nạo vét kênh mương.