Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Nguyễn Thái Lai làm Trưởng ban Ban điều phối.
Ban điều phối có nhiệm vụ giúp Phân ban Việt Nam trong Ủy ban liên Chính phủ Việt Nam - Hà Lan về thích ứng với biến đổi khí hậu và quản lý nước giám sát việc tăng cường năng lực thích ứng với biến đổi khí hậu, kiểm soát lũ, lụt, quản lý tài nguyên đất và nước, cấp nước và xử lý nước thải; việc thu thập, xử lý và trao đổi thông tin số liệu, dự báo, cảnh báo về khí hậu, biến đổi khí hậu và tài nguyên nước.
Ban điều phối với nhiệm vụ tổ chức, triển khai thực hiện, điều phối các hoạt động giữa các Bộ, ngành và địa phương trong việc thực hiện Thỏa thuận đối tác chiến lược giữa Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Hà Lan về thích ứng với biến đổi khí hậu và quản lý nước, ký tại Brussel, Vương quốc Bỉ, ngày 4/10/2010...
Các thành viên Ban điều phối làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Ban điều phối tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.
Phân ban làm việc theo chế độ tập thể thảo luận, Chủ tịch Phân ban kết luận và chỉ đạo thực hiện; đề cao trách nhiệm cá nhân của các thành viên Phân ban.
Các thành viên Phân ban làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, tuân thủ quy định hiện hành của pháp luật và các quy định của Quy chế này.
Hội nghị toàn thể Phân ban được tổ chức thường kỳ mỗi năm một lần do Chủ tịch Phân ban chủ trì.
Ngoài Hội nghị toàn thể Phân ban thường kỳ, trong trường hợp cần thiết, Chủ tịch Phân ban sẽ triệu tập và chủ trì cuộc họp của Phân ban để thảo luận và quyết định về các nhiệm vụ cấp bách liên quan đến các Bộ, ngành và địa phương; việc ký kết và tham gia các điều ước quốc tế, kế hoạch thực hiện các cam kết quốc tế giữa Việt Nam và Hà Lan.
Phiên họp của Ủy ban liên Chính phủ Việt Nam - Hà Lan về thích ứng với biến đổi khí hậu và quản lý nước sẽ được tổ chức luân phiên thường kỳ tại Việt Nam và Hà Lan mỗi năm một lần do Phó Thủ tướng Chính phủ Việt Nam và Phó Thủ tướng Chính phủ Hà Lan đồng chủ trì.