Theo báo cáo của Ủy hội sông Mê Kông, trên dòng chính sông Mê Kông, Trung Quốc đã xây dựng 5 đập thủy điện và 18 đập khác đã có thiết kế kỹ thuật và có kế hoạch xây dựng trong giai đoạn từ nay đến năm 2020. Bên cạnh đó, 3 nước Lào, Campuachia và Thái Lan cũng dự kiến xây dựng 12 đập với tổng công suất lắp máy đạt 14.000 MW, tạo ra sản lượng điện 66.000 GWh/năm. Theo đánh giá, các công trình thủy điện này sẽ ảnh hưởng rất lớn đến vùng hạ du trong đó có ĐBSCL. Việc Trung Quốc phát triển thủy điện ở thượng lưu sông Mê Kông đã giữ lại 50% lượng phù sa, còn ở trung lưu trên dòng chính giữ lại 25%. Với những đánh giá như trên, theo tính toán của các nhà khoa học, thì tổng lượng phù sa hàng năm của khu vực ĐBSCL từ 26 triệu tấn sẽ chỉ còn khoảng 7 triệu tấn. Bên cạnh đó, nếu xây đập trên dòng chính thì 35% tổng lượng cá di cư sẽ bị đập cản trở, với mức độ rủi ro là khoảng 1,6 triệu tấn/năm. Đến năm 2030, tổng tổn thất trực tiếp về cá là khoảng 880.000 tấn/năm (chưa tính cá đồng và cá biển). Theo đánh giá, tổng sản lượng cá chịu rủi ro từ các con đập ở dòng chính sông Mê Kông lên tới 1,4 triệu tấn. Trong khi đó, thủy sản ở hồ chứa chỉ bù đuợc 1/10 sản lượng thủy sản tự nhiên bị tổn thất. Riêng Việt Nam sẽ mất 220 – 240 nghìn tất cá trắng di cư, thiệt hại gần 1 tỷ USD mỗi năm. Đặc biệt, một số loài cá chỉ có ở sông Mê Kông như: Cá tra dầu, cá hô, cá sấu xiêm, cá đuối nước ngọt… đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng. Bên cạnh đó, thiếu thức ăn, các loài vật khác như chim, cò, rùa, rắn… cũng bị suy giảm. Tổn thất này được đánh giá là vĩnh viễn, không phục hồi lại được và tổn thất này có thể lớn hơn lợi ích về năng lượng do các đập thủy điện mang lại. 

Hiện vùng ĐBSCL là vùng đất ngập nước lớn nhất nước ta và là nơi tiếp nhận toàn bộ nước sông Mê Kông khi chảy ra biển. Dưới tác động của các đập thủy điện trên dòng chính sông Mê Kông, mất phù sa sẽ khiến cho cho vùng ĐBSCL bị sụt lún và chìm rất nhanh xuống dưới mực nước biển. Bởi biển phía đông của ĐBSCL và mũi Cà Mau sẽ bị sạt lở nghiêm trọng, mặn xâm nhập sâu vào đất liền gây khó khăn trong việc lấy nước; lũ xuất hiện không đúng theo quy luật, nước biển dâng sẽ làm ngập đất canh tác gây khó khăn trong việc bảo vệ diện tích đất canh tác… Dự báo, đến năm 2050, khoảng 64,5% diện tích ĐBSCL sẽ bị ngập khoảng 1 mét, các đô thị như Sa Đéc, Vĩnh Long, Tân An, Mỹ Tho, Sóc Trăng, Hà Tiên… sẽ bị ngập trên 1 mét. Trong đó ngập nghiêm trọng nhất là 2 thành phố Vĩnh Long và Cần Thơ.   

Nhằm chủ động các giải pháp ứng phó với tác động của biến đổi khí hậu, nước biển dâng, ngập mặn do tác động của việc xây dựng đập thủy điện trên dòng chính sông Mê Kông cho vùng ĐBSCL, nhiều giải pháp đã được đưa ra tại hội thảo như: Nâng cấp xây mới 1395 km đê biển ven biển đông và biển tây, đê sông theo cao trình thích hợp để thích ứng với nước biển dâng, ngăn xâm nhập mặn. Triệt để hạn chế lũ tràn từ biên giới vào ĐBSCL bằng hướng thoát lũ ra biển tây, sang sông Vàm Cỏ và trở lại sông Tiền. Nâng mới các trục thoát lũ, dẫn nước, tiêu nước cho các vùng tứ giác Long Xuyên và đặc biệt là các vùng ven biển.