* Đa dạng sinh học giảm
Một nghiên cứu của Viện Kỹ thuật biển Việt Nam cho thấy, tại các quận, huyện 2, 7, 9, Nhà Bè, Cần Giờ (TP.HCM), mưa nhiều cùng với cường độ khai thác cát trên hệ thống sông Sài Gòn - Đồng Nai đã làm gia tăng hiện tượng xói lở bờ, kết quả các mảng thực vật tự nhiên ven hành lang sông sẽ bị thu hẹp diện tích hoặc bị biến mất. Thay vào đó, các bờ kè nhân tạo, khu dân cư đô thị hình thành không thích hợp cho các loại động vật hoang dã bản địa tồn tại.
Ngoài ra, những thay đổi về nhiệt độ, lượng mưa, nước biển dâng cũng đang tác động nghiêm trọng đến đa dạng sinh học trên địa bàn thành phố, nhiệt độ tăng cao làm cho các vùng đất ẩm ướt nhanh chóng cạn nước trước khi mùa mưa đến, gây hiện tượng phân cắt dòng di cư… Bên cạnh đó, việc di dời các khu dân cư, các công trình sẽ cần thêm đất đai, thay đổi sử dụng đất. Các khu đất ngập nước tự nhiên ở huyện Cần Giờ, Nhà Bè, quận 7, 9, 2 sẽ được trưng dụng. Điều này sẽ thu hẹp các quần cư của các loài động thực vật.
Cùng với những yếu tố trên, theo Sở TN&MT TP.HCM, ô nhiễm môi trường cũng đã và đang tác động nhiều đến đa dạng sinh học. Là nơi tập trung hàng trăm nhà máy, cơ sở sản xuất lớn nhỏ cùng một số lượng lớn phương tiện giao thông nên TP.HCM có lượng khí thải dày đặc và độc hại, ảnh hưởng trực tiếp đến đa dạng sinh học đa dạng sinh học, nhất là đối với sinh vật sống trong đất.
Mặt khác, dòng chảy của hệ thống kênh rạch lại bị thu hẹp do hàng ngàn hộ dân lấn chiếm và xả rác nên môi trường nước càng ô nhiễm nặng nề, trở thành môi trường chết. Ngoài ra, tình trạng môi trường đất – nơi sinh sống của rất nhiều loài sinh vật cũng đang ngày càng ô nhiễm, ảnh hưởng tiêu cực đến  hệ sinh thái.
* Đồng bộ và quyết tâm
Cho rằng đa dạng sinh học TP.HCM suy thoái một phần do tác động của con người đối với các khu rừng nguyên sinh, các vùng đất ngập nước, PGS-TS Lương Văn Thanh, quyền Viện trưởng Viện Kỹ thuật biển Việt Nam nhấn mạnh, việc thành lập hệ thống các khu bảo tồn là bước đi rất quan trọng để bảo tồn các loài, quần xã sinh vật và hệ sinh thái.
Thành phố phải xây dựng được một hệ thống khu bảo tồn góp phần tăng cường đa dạng sinh học, trên cơ sở phát triển mảng xanh đô thị gắn kết đa dạng sinh học. Song song đó, phải hoàn thiện việc nghiên cứu một hệ thống quản lý nguồn gene.
Còn ông Nguyễn Văn Phước, Phó Giám đốc Sở TN&MT TP.HCM cũng cho biết, để hạn chế tình trạng ô nhiễm môi trường, bảo vệ đa dạng sinh học trên địa bàn, TP.HCM cần đẩy mạnh việc giảm thiểu và tránh tối đa các tác động của hoạt động phát triển đô thị hóa; phục hồi các khu vực tự nhiên bị tổn hại.
Trong công tác bảo vệ môi trường nói chung và đa dạng sinh học nói riêng, thành phố cần chú trọng nâng cao ý thức người dân nạo vét kênh rạch và xây bờ kè làm giảm ô nhiễm môi trường; xây dựng hệ thống xử lý chất thải ở các nhà máy để làm giảm ô nhiễm ở kênh rạch và sông hồ.