Năm 2012, trên tuyến sông Đà gặp một số thiệt hại do bão lũ như đổ và hư hỏng 5 vị trí báo hiệu đầu kè, 8 bộ rùa và phụ kiện phao bị trôi, đứt xích, sạt lở 12 vị trí trong hệ thống kè. Trên tuyến hồ Hòa Bình có 1 vị trí báo hiệu trên bờ bị đổ, 4 vị trí móng cột bê tông bị sạt lở, 3 bộ phao, xích rùa bị trôi, đứt. Tổng thiệt hại ước tính gần 3,5 tỷ đồng. Ngay sau lũ, Đoạn Quản lý đường thủy nội địa số 9 đã tập trung chỉ đạo các đơn vị trực thuộc triển khai phao báo hiệu tại các vị trí bị đổ, khu vực khan cạn, điều chỉnh lại báo hiệu bị nghiêng, đảm bảo liên hoàn cho hệ thống; gia cố tạm thời và khơi rãnh thoát nước chốt sạt lở tiếp theo; rà soát, tìm kiếm các báo hiệu đã mất.

Triển khai phương án, nhiệm vụ PCLB & TKCN năm 2013, Đoạn Quản lý đường thủy nội địa số 9 tập trung kiện toàn Ban chỉ huy PCLB & TKCN của đơn vị; thành lập lực lượng xung kích cứu hộ, cứu nạn, khắc phục hậu quả sau lũ; rà soát, xây dựng phương án PCLB sát với thực tế; thường trực 214/24 giờ trong thời gian bão, lũ theo công điện của các cấp, ngành, kịp thời thông báo diễn biến luồng chạy tàu, các vị trí tránh bão cho các phương tiện tham gia giao thông nắm bắt; phổ biến, tuyên truyền về công tác chuẩn bị phòng ngừa trước, trong lụt bão và khắc phục hậu quả thiên tại đến các đơn vị trực thuộc, quán triệt phương châm “4 tại chỗ” để sẵn sàng ứng phó với lũ bão; bảo đảm tuyến an toàn thông suốt, an toàn về giao thông thủy cho các công trình trọng điểm trên tuyến, hạn chế thấp nhất thiệt hại về người, tài sản của nhân dân, làm tốt công tác khôi phục, phục hồi sản xuất, ngăn chặn dịch bệnh.